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开创性的实时代码文章允许科学家们相互比较结果

时间:2019-03-01 05:15来源:网络整理 作者:管理员 点击:
开创性的实时代码文章允许科学家们相互比较结果

在线期刊eLife创建了第一篇“计算可再现”的文章,其中的数字与生成它们所需的软件,数据和计算环境相结合。

开创性的实时代码文章允许科学家们相互比较结果

读者可以更改底层代码并生成修改后的数字,以便更好地理解,验证或构建工作。例如,他们可以重新运行代码以查看没有异常值的图形,或者使用不同类型的图表来更有效地显示趋势。

研究人员说,可重复的文章,其中网上生活首次公布在其传统的格式,去年1,是迈向未来,报纸不仅仅是静态页面更是一个显著的一步。

“eLife正在做的是承诺升级研究文章,使其不仅仅是书面文字,而是这种多面通信媒介,其中包括数据和代码作为不可或缺的部分,”Lorena Barba说道,机械和华盛顿特区乔治华盛顿大学的航空航天工程师和可重复性专家。

根据英国剑桥eLife产品和用户体验负责人Giuliano Maciocci的说法,该文章是该期刊现在计划扩大规模的技术原型;想要利用类似功能的作者可以联系期刊进行考虑。

共享代码

这些技术将来可以让研究人员更容易地重复使用彼此的代码。用户无法上传他们自己的数据并将其添加到数字中,但Maciocci说,计划是让他们最终下载这些文章并在他们自己的计算机上运行它们,以便例如使用作者的代码分析他们自己的发现。

重复使用此类软件通常很困难,涉及令人困惑的相互依赖的工具集,每个工具都必须下载和安装。eLife的概念验证发布允许用户在文章正文中查看和执行代码,无需安装。“读者没有摩擦来执行代码并使用数据,”Barba解释道。

在Twitter上,纽约洛克菲勒大学的神经生物学家Cori Bargmann将这一发展描述为“未来的论文”。“新的eLife格式提供了更多共享数据和分析的机会,从而建立了彼此的工作,”Bargmann在后续电子邮件中补充道。

加州大学戴维斯分校的生物信息学家泰特斯布朗说,制作可重复文件的能力并不新鲜。研究人员可以通过将提供交互式实验室笔记本的Jupyter Notebook等工具与基于云的软件Binder相结合来自行完成,该软件允许其他人执行代码。“缺乏的是与发行商方面的整合,”Brown.c说

计算胶囊

一些期刊,包括F1000Research,GigaScience和Cell Press的标题,已经允许作者在他们的文章中从基于云的平台Code Ocean嵌入可执行的“计算胶囊”,代码和执行环境呈现为交互式小部件。2018年8月,Nature Methods,Nature Biotechnology和Nature Machine Intelligence与Code Ocean一起启动了一项试点计划,使用该公司的计算胶囊进行同行评审。

eLife是第一本使代码成为文章本身的一部分的期刊。

(责任编辑:admin)
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